Türk akınlarının giderek yoğunlaşması birçok Batı Anadolu şehri gibi Tralleis’in fiziki yapısında da değişiklik yapılmasına neden olmuştur. 1278 yılında Tralleis İmparator Andronikos Palalogos tarafından tekrar güvenli bölge olan tepelik alanda kurulmuş, şehrin korunaksız olan kesimleri surla çevrilmiştir. Ancak su kanallarının tam olarak inşa edilmemesi sonucu ortaya çıkan su sıkıntısı nedeniyle bu tam olarak başarılamamıştır. Türklerin giderek artan deniz akıntılarıyla adalardaki ve Ege kıyılarındaki nüfus daha güvenli olan iç bölgelerdeki yerleşme merkezlerine çekilmiştir. Güvenlik açısından oldukça korunaklı bir konuma sahip Tralleis’de bu yerleşmelerden biri olup, göçler nedeniyle nüfusu yükselmiştir. Hem artan nüfusun etkisi hem de Türk akınlarının giderek şiddetinin azalmasıyla şehir tekrar tepelik alandan Büyük Menderes Nehrine doğru genişlemeye başlamıştır. Ticari fonksiyonunu yeniden kazanan şehir, Türklerin savaş dışında ticaret yapabildiği bir pazar çehresine kavuşmuştur. Bu ticarette deri, zeytinyağı, nar, pamuk, şarap ve keçi yoğurdu önemli gelir kaynaklarını oluşturmuştur (902).
Aydınoğulları döneminde, Birgi baş şehir olarak konumlandırılmış, Mehmet Bey, eski Türk töresine uygun olarak beyliği oğulları arasında taksim etmiştir. Oğulları, Hızır Bey’e, Efes ve Sultanhisar’ı, Umur Bey’e, İzmir’i, İbrahim Bahadır Bey’e, Ödemiş’i, Süleyman Bey’e, Tire’yi taksim etmiş, küçük oğlu İsa Bey’i kendi yanında Birgi’de tutmuştur (903).
Mehmet Bey, güçlü bir beylik ve hâkimiyete sahip olmanın deniz gücünden geçtiğini bildiği için Efes’te ve İzmir’de birer donanma oluşturmuştur. Mehmet Bey, İzmir’in fethi sonrasında faal işlerden çekilmiş ve İzmir’in fethinde büyük kahramanlık gösteren oğlu Mübarezeddin Umur Bey’i beyliğin başına geçirmiştir. Umur Bey idareyi alır almaz ilk olarak Adalar ve Yunan sahillerine fetihler yapmak amacıyla denize açılmıştır. Umur Bey, 1329-1333 yılları arasında bazen yalnız bazen de kardeşleriyle Sakız, Bozcaada, Eğriboz, Isparta, Mora ve Gelibolu sahillerine üst üste seferler yapmıştır. Bu seferlerden sonra, beyliğin ekonomisi çok güçlenmiştir (333).
Güçlü ekonominin güçlü tarıma dayandığına inanan Umur Bey zeytinciliğe önem vermiştir. Umur Bey, zeytinliklerin bakımının yapılmasını sağlayarak yerli ahalinin en önemli geçim kaynağı olan zeytin başta olmak üzere tarımsal ürünlerin veriminin arttırılması için çalışmalar yaptırmıştır. Umur Bey Mora seferi sırasında yanında getirdiği Maxilius adındaki botanikçiye tarımsal üretimde verim için ne yapılabilir diye bir çalışma yaptırmıştır. Bu çalışmada hastalıklı olan zeytin ağaçlarının dibine at ve deve gübresi atılmasının, ağaçların baldıran suyuyla yıkanmasını, ağaçların hastalıklarına iyi geleceği rapor etmiştir. Umur Bey bunu derhal uygulatmış ve işe yaradığı görülmüştür (334).